यदि लक्ष्य सामग्री चुंबकीय है तो मैग्नेट्रॉन का प्रभाव काफी कम हो जाएगा क्योंकि चुंबकीय क्षेत्र रेखाएं लक्ष्य सामग्री द्वारा परिरक्षित होती हैं और लक्ष्य सामग्री की सतह के ऊपर चुंबकीय क्षेत्र बनाने के लिए इससे गुजरना मुश्किल होता है। परिणामस्वरूप, जब चुंबकीय सामग्री को बिखेरते हुए, मैग्नेट्रोन लक्ष्य का चुंबकीय क्षेत्र एक ओर मजबूत होना चाहिए, और दूसरी ओर लक्ष्य सामग्री को पतला बनाया जाना चाहिए, ताकि चुंबकीय क्षेत्र रेखाओं को इसके माध्यम से पारित किया जा सके और लक्ष्य सतह के ऊपर मैग्नेट्रोन प्रभाव उत्पन्न किया जा सके।
उपयोग किए जा रहे पावर स्रोत के अनुसार, मैग्नेट्रॉन स्पटरिंग उपकरण को आम तौर पर डीसी स्पटरिंग और रेडियो फ्रीक्वेंसी स्पटरिंग में अलग किया जा सकता है। डीसी मैग्नेट्रॉन स्पटरिंग के दौरान एनोड सब्सट्रेट और कैथोड लक्ष्य के बीच एक डीसी वोल्टेज प्रदान किया जाता है। विद्युत क्षेत्र के प्रभाव में, धनायन लक्ष्य पर बमबारी करता है, और इसकी स्पटरिंग दर अक्सर काफी अधिक होती है। हालांकि, डीसी स्पटरिंग का उपयोग अक्सर केवल धातु लक्ष्यों के लिए किया जाता है क्योंकि इन्सुलेटर लक्ष्यों के साथ, तथाकथित "लक्ष्य विषाक्तता" लाई जाती है लक्ष्य सतह पर सकारात्मक कणों के निर्माण से, जिसके परिणामस्वरूप स्पटरिंग दर कम हो जाती है। मैग्नेट्रोन स्पटरिंग सिद्धांत इस प्रकार है: जैसे ही इलेक्ट्रॉन गति पकड़ते हैं और विद्युत क्षेत्र के प्रभाव में सब्सट्रेट की ओर उड़ते हैं, वे आर्गन परमाणुओं से टकराते हैं, आयनित होते हैं बड़ी संख्या में आर्गन परमाणु और इलेक्ट्रॉन ऐसा करते हैं। विद्युत क्षेत्र के प्रभाव में, आर्गन आयन लक्ष्य पर बमबारी तेज कर देते हैं, जिससे कई लक्ष्य परमाणु बिखर जाते हैं। फिर तटस्थ लक्ष्य परमाणुओं (या अणुओं) को एक फिल्म बनाने के लिए सब्सट्रेट पर जमा किया जाता है। जैसे ही वे गति पकड़ते हैं और सब्सट्रेट की ओर उड़ते हैं, चुंबकीय क्षेत्र के लोरेन चुंबकीय बल द्वारा द्वितीयक इलेक्ट्रॉनों को लक्ष्य सतह के पास प्लाज्मा क्षेत्र में रोक दिया जाता है। .
इस क्षेत्र में प्लाज्मा घनत्व बहुत अधिक है। चुंबकीय क्षेत्र द्वितीयक इलेक्ट्रॉनों के चारों ओर होता है। लक्ष्य की सतह एक वृत्त में घूमती है। इलेक्ट्रान की गति का पथ बहुत लम्बा होता है। यह चलते समय लगातार आर्गन परमाणुओं से टकराता है, जिससे बड़ी संख्या में आर्गन आयन आयनित होते हैं और लक्ष्य सामग्री पर बमबारी करते हैं। कई मुठभेड़ों के बाद इलेक्ट्रॉनों की ऊर्जा लगातार कम हो जाती है, जिससे वे बल के प्रतिबंधों की चुंबकीय रेखाओं से मुक्त हो जाते हैं। लक्ष्य से हटाए जाने के बाद अंततः सब्सट्रेट पर जमा हो गया।
